Nach dem Ersten Weltkrieg und dem damit verbundenen Ende der österreichisch-ungarischen Doppelmonarchie kritisierte er offen die neue linksgerichtete Regierung und leitete eine christliche Partei. Er wurde am 9. Februar 1919 verhaftet, kam aber im Mai wieder frei – allerdings erhielt er ein Redeverbot in der Öffentlichkeit. Nach dem Ende der Räterepublik wurde er am 1. September zum neuen Stadtpfarrer von Zalaerszag ernannt. Er ließ dort Schulen und Kirchen bauen und gründete kirchliche Vereine.
Am 4. März 1944 wurde er von Papst Pius XII. zum Bischof von Veszprem ernannt. Er verkaufte einen Teil des kirchlichen Grundbesitzes und ließ neue Pfarreien und elf katholische Schulen errichten. Kurz danach besetzten deutsche Truppen Ungarn. Einige Bischöfe protestierten daraufhin, dass Juden in Ghettos eingesperrt wurden und in Vernichtungslager deportiert wurden. Wieder wurde er verhaftet. Nach der Eroberung Westungarns durch die Rote Armee konnte am 20. April 1945 wieder nach Veszprem.
Vier Monate später, am 15. September, ernannte ihn der Papst zum Erzbischof von Esztergom. Das war eine wichtige Position für die Ungarn: Als Erzbischof von Esztergom war er Primas von Ungarn und die erste Autorität nach dem König. Es folgten jedoch Konflikte mit den Kommunisten. Auch im Ausland berichtete er von der Unterdrückung der Kirche durch die Kommunisten.
Nach der klar gewonnenen Wahl durch den Linksblock 1947 verschärfte sich die Situation: Die katholischen Schulen wurden verstaatlicht. Er machte im Ausland darauf aufmerksam. Die Folge: eine erneute Verhaftung. In einem Schauprozess wurde er wegen Umsturzes und Spionage zu lebenslanger Haft verurteilt. In mehreren Haftanstalten versuchten ihn die Kommunisten durch Folter auf ihre Linie zu bringen. Doch Mindszenty blieb standhaft, stellte kein Amnestieansuchen, sondern verlangte seine vollständige Rehabilitation.
Erst nach den Ungarischen Volksaufstand im Herbst 1956 konnte er befreit werden. Die Rote Armee marschierte in Budapest ein, und Mindszenty floh in de amerikanische Botschaft in der ungarischen Hauptstadt. 1971 ging er nach Wien ins Exil und wohnte im ungarischen Priesterseminar.
Der Papst wollte die Beziehungen zu Ungarn normalisieren und forderte Mindszenty zum Rücktritt als Erzbischof von Esztergom auf. Doch dieser weigerte sich. Dennoch wurde der Bischofssitz später als vakant erklärt, und Mindszenty am 5. Februar 1974 aus pastoralen Gründen seines Amtes enthoben. Er starb am 6. Mai 1975 in Wien.
Mindszenty wurde in Mariazell bestattet. Die Grabrede am 15. Mai hielt sein Freund, der Gründer von KIRCHE IN NOT, Pater Werenfried van Straaten. In seinem Testament verfügte er, dass seine sterblichen Überreste erst nach Esztergom überführt werden sollten, wenn der Stern der Moskauer Gottlosigkeit vom Himmel Mariens und des heiligen Stephanus gefallen sei. Nach dem Abzug der sowjetischen Armee aus Ungarn wurde er am 4. Mai 1991 nach Esztergom (Gran) überführt. Seit 1993 läuft ein Seligsprechungsprozess für Kardinal Mindszenty. Papst Franziskus erkannte ihm am 12. Februar 2019 den heroischen Tugendgrad zu.
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